Le sclérotinia est une maladie répandue et très dommageable pour le colza. La lutte chimique s'est avérée efficace pendant plus de 15 ans mais des phénomènes de résistances au carbendazime sont apparus et de nouvelles pistes sont à envisager. Les méthodes prophylactiques consistent à éviter les attaques en agissant de façon indirecte sur le pathogène. La pratique de rotation avec des espèces peu sensibles et  la lutte biologique au travers de l'emploi d'une spécialité commerciale à base de spores Coniothyrium minitans (Contans WG) permet  de réduire le stock de sclérotes du sol.