Les orges d’hiver et escourgeons surprennent tous les ans par la rapidité de la montée des maladies dès lors que les températures augmentent. Leur nuisibilité moyenne est d'environ 15 q/ha et varie de 5 à 25 q/ha en fonction des années et des variétés. Parmi les leviers agronomiques disponibles, la résistance variétale reste de loin le moyen le plus efficace pour limiter les maladies inféodées aux orges. Il apparaît souvent que la date de la première intervention fongicide est primordiale. Il est recommandé de protéger les parcelles dès le stade 1 nœud, pour ne pas « courir », plus tard, après la montée de l’helminthosporiose, principale maladie du feuillage.

Les principales maladies des orges sont l’helminthosporiose, la rhynchosporiose, la rouille naine, l’oïdium et la ramulariose. Ces maladies évoluent souvent en cortège avec des taches brunes parasitaires ou liées à des stress climatiques, appelées grillures polliniques…