Développement d'un outil moléculaire innovant pour la caractérisation du complexe d'espèces de Fusarium sur blé

Appel à projets Ecophyto PSPE 1 - Edition 2012

Le projet PYROFUS propose de développer et de valider un prototype d’outil innovant de détection et d’identification fine de la population de bioagresseurs des épis de blé, les champignons Fusarium spp., combinant des approches moléculaires et bioinformatiques. La fusariose est une maladie des céréales particulièrement suivie dans le cadre du dispositif national d’épidémiosurveillance, provoquant une baisse du rendement et de la qualité technologique des grains. Les champignons impliqués posent également un risque sanitaire car certaines espèces de Fusarium sont capables de produire des mycotoxines, métabolites secondaires toxiques, qui s’accumulent dans les grains et sont transmises le long de la chaîne de transformation des grains. La fusariose fait l’objet de traitements fongicides spécifiques et les changements de pratiques agricoles induits par le plan ECOPHYTO 2018 pourraient modifier le complexe d’espèces associé à la fusariose.

Actuellement, le réseau d’épidémiosurveillance base son monitoring de la fusariose dans les parcelles sur des observations de symptômes au champ. Cependant, associer visuellement un symptôme à une ou plusieurs espèces de Fusarium, même parmi les principales, reste difficile voire impossible.

Le projet PYROFUS propose de développer un outil innovant, basé sur la technique du pyroséquençage, qui permettra la détection et l’identification exhaustive des champignons mycotoxinogènes du genre Fusarium. Le projet sera structuré en 3 grands axes (i) mise au point de l’outil de diagnostic (ii) validation de l’outil sur des échantillons de blé issus de parcelles agriculteurs et (iii) évaluation du potentiel de l’outil sur d’autres céréales sensibles à la fusariose (triticale, maïs, orge, …). L’outil doit permettre de détecter et gérer plus efficacement les émergences d’espèces de Fusarium, ou toute modification de la prévalence des espèces impliquées et le risque toxinogène associé. Son utilisation devrait participer à moyen terme à l’adoption de nouvelles stratégies et de nouveaux comportements en matière d’utilisation de produits phytopharmaceutiques et de pratiques agricoles.

Thèmes abordés : Fusarium ; Pyroséquençage ; Blé ; Fusariose ; Mycotoxines 

Organisme chef de file : ANSES

Partenaires : INRA, ARVALIS

Montant financé :  108 000 €