Une procédure particulière est prévue à l'article 24 du RCE n° 1107/2009 pour les substances  phytopharmaceutiques, dits « candidates à substitution ». 

Les substances actives identifiées « candidates à substitution » présentent certaines propriétés à risque et les produits phytopharmaceutiques contenant de telles substances actives sont destinés à être remplacés par des produits phytopharmaceutiques contenant des substances actives nécessitant moins d’atténuation des risques ou par des méthodes non chimiques de prévention ou de lutte et ne présentant pas d’inconvénients économiques ou pratiques majeurs. 

Les États membres doivent réaliser une évaluation comparative (article 50) lors de l’examen de toute demande d’autorisation relative à un produit phytopharmaceutique contenant une substance active approuvée en tant que substance dont on envisage la substitution. Cette évaluation comparative doit prendre en compte les aspects économiques, pratiques, la gestion des résistances et les usages mineurs.

La base pesticides du Site de la Commission européenne
fournit une liste à jour des substances candidates à substitution
(choisir "Candidate for substitution" dans l'onglet "Type"
du moteur "Search options" à gauche de l'écran).