Les ravageurs causent régulièrement des problèmes en production avec des risques plus ou moins élevés selon la sensibilité des espèces.

Les pucerons sont les ravageurs les plus fréquents avec des espèces qui sont polyphages ou au contraire monophages selon les cas. Leur développement est souvent explosif avec les élévations de température, en particulier sous abri. Les chenilles causent également des dégâts assez fréquents mais avec une intensité plus localisée. Les acariens, les thrips, les cicadelles et les psylles sont des ravageurs généralement inféodés à des espèces sensibles mais sur lesquelles ils peuvent occasionner des dégâts très importants. Les cochenilles sont des ravageurs autrefois secondaires dont la fréquence est en forte augmentation.

En pépinière ornementale dont les cultures sont réalisées en conditions extérieures ou sous abri non chauffé, les ravageurs sont surtout présents du printemps à l'automne. Il sont nettement plus importants en culture sous abri qu'à l'extérieur.

Les maladies dépendent également beaucoup de la sensibilité des espèces. Botrytis, Oïdium, maladies de taches foliaires et mildiou sont les maladies des parties aériennes les plus fréquentes. Les maladies telluriques provoquant le dépérissement des plantes en culture hors-sol comme les Phytophthora et les Pythium sont également des problématiques très importantes pour les espèces sensibles comme les plantes de terre de bruyères pour lesquelles les conséquences économiques peuvent être extrêmement coûteuses en cas de non contrôle.

Les cultures d'arbustes en pépinière sont des cultures où les frais de culture engagés à la mise en culture sont très élevés. Par ailleurs, comme pour les autres espèces ornementales, les arbustes produits en pépinière sont soumis à des exigences de qualité très élevées et à la règle du "zéro défaut visuel" lors de la commercialisation, en particulier quand la vente a lieu en jardinerie.

Les pertes associées aux défauts de maîtrise des maladies et ravageurs peuvent donc avoir des conséquences très fortes sur la rentabilité du système. Toutefois, ce risque est très dépendant de la sensibilité aux ravageurs ou aux maladies qui est très variable selon les espèces.

La production d'arbustes comme celle de toutes les cultures ornementales, s'inscrit dans le contexte de la réduction de l'utilisation des produits phytosanitaires. L'IFT des cultures d'arbustes produits en pépinière en lutte chimique est modéré en moyenne en comparaison d'autres productions, mais dépend toutefois des espèces et de leur sensibilité. Des solutions alternatives sont à trouver et à bien évaluer car le coût de leur mise en oeuvre peut être important.

De plus, la profession horticole s'est engagée dans des démarches de certifications environnementales qui nécessitent de produire des itinéraires de culture moins risqués du point de vue sanitaire et plus résilients. L'utilisation de la lutte biologique et de la valorisation de la biodiversité fonctionnelle expérimentées dans ce projet contribue à ces objectifs.

Des notations hebdomadaires sont effectuées sur des échantillons représentatifs pour permettre un suivi épidémiologique des cultures en place. Ces notations concernent les ravageurs présents, les auxiliaires et les maladies et sont réalisées par comptage. Les échantillons observés représentent 12 % des plantes cultivées pour chaque espèce, soit plus d'une centaine de plantes observées chaque semaine sur plus d'un millier. En fin de culture, une notation de la qualité commerciale des végétaux est réalisée pour chaque espèce cultivée.

Les abords à proximité de l'abri et des aires de culture sont des chemins nécessaires à la logistique interne pour les déplacements. Au-delà de ces chemins, à une échelle de l'ordre de la dizaine ou de la centaine de mètres, les abords sont végétalisés (prairies, haies, bois).