Les outils pour la biodiversité
En agriculture, la biodiversité comprend à la fois les espèces cultivées et domestiques, mais aussi la biodiversité sauvage présente dans les parcelles et leurs abords : flore, pollinisateurs, auxiliaires des cultures, organismes du sol, oiseaux ou encore chauves-souris.
La diversité du vivant et l'activité agricole sont étroitement liés. La biodiversité constitue le socle de notre alimentation car elle contribue au bon fonctionnement des agroécosystèmes en assurant des fonctions essentielles comme la pollinisation, le recyclage de la matière organique, la fertilité des sols ou encore la régulation naturelle de certains bioagresseurs.
Malgré son rôle essentiel, la biodiversité des milieux agricoles connaît un déclin marqué depuis plusieurs décennies, essentiellement causé par l’altération ou la fragmentation des habitats par l’activité humaine. L'agriculture, quant à elle, fait partie du constat mais aussi des solutions. Des pratiques adaptées peuvent contribuer à maintenir et à favoriser une biodiversité bénéfique aux cultures. La protection intégrée des cultures s'appuie justement sur des mécanismes naturels pour limiter le recours aux produits phytopharmaceutiques.
Ce dossier propose un panorama d’outils techniques et opérationnels mobilisables par les acteurs du monde agricole pour :
Diagnostiquer l'état de la biodiversité ;
Observer et identifier la biodiversité présente ;
Préserver la biodiversité existante et favoriser le développement du plus de biodiversité ;
S’inspirer d’autres démarches et suivre les résultats.
Les cultures dépendantes, au moins en partie, des pollinisateurs* contribuent au volume de la production agricole mondiale à hauteur de 35% - Rapport IPBES, 2026
* domestiques ou sauvages, insectes ou vertébrés
Rapport d’évaluation sur les pollinisateurs, la pollinisation et la production alimentaire
- IPBES, 2016
Avant d'agir, il est essentiel de disposer d'un état des lieux de la biodiversité présente sur l'exploitation. Le diagnostic permet surtout d'évaluer l'impact des pratiques agricoles sur la biodiversité en place pour prioriser les actions à engager. Il constitue la première étape pour construire une stratégie cohérente au contexte de l'exploitation.
Cultures concernées | Type d'outil | Nom et lien | Description | Organisme |
| 🌱 Toutes cultures | Outil numérique | ISYBIO® - Impact biodiversité des systèmes agricoles | Outil prédictif d’évaluation des impacts des systèmes agricoles sur la biodiversité locale. ISYBIO® fournit une lecture opérationnelle des dynamiques territoriales associées aux différents systèmes de production. Pour en savoir plus regardez cette vidéo de présentation. | Sayari, INRAE, ITAB, Acta |
| 🌱 Toutes cultures | Outil numérique | Agribest | Outil d'auto-évaluation permettant d'analyser les pratiques de l'exploitation et leur influence sur la biodiversité et les services écosystémiques. Il propose une comparaison avec des références, un suivi dans le temps, l'identification de pistes d'amélioration ainsi que des supports de valorisation et de communication. Plus d'informations. | Agribest |
| 🌱 Toutes cultures | Guide, fiche ou ressource technique | Indicateurs de biodiversité | Ensemble de 14 indicateurs de biodiversité agricole conçus dans le cadre du club AGATA. Ils permettent d’évaluer les pressions exercées sur la biodiversité et l’état de celle-ci selon les pratiques terrain et des mesures directes. Plus d'informations.
| Noé |
| 🐮🌾Élevage et polyculture-élevage | Outil numérique | Biotex | Outil d'évaluation du potentiel de biodiversité en élevage. Destiné aux éleveurs et aux conseillers, il évalue la capacité d’accueil de la biodiversité et les leviers pour la favoriser afin d’intégrer la biodiversité dans une approche agroécologique globale. Son utilisation nécessite généralement une formation spécifique à la méthode. | Institut de l’élevage, l’Inrae et le Museum national d’histoire naturelle |
Connaître (ou mieux connaître) les espèces présentes sur l’exploitation permet de comprendre le fonctionnement de l'agroécosystème. L'identification de la biodiversité présente facilite tout d’abord l'interprétation des observations au champ. Cette connaissance aide ensuite à adapter les pratiques afin de préserver les organismes utiles et les habitats qu'ils utilisent.
Cultures concernées | Type d'outil | Nom et lien | Description | Organisme |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Pl@ntNet | Application de reconnaissance des plantes à partir de photographies. Permet d'identifier rapidement la flore présente dans les parcelles, bordures ou infrastructures agroécologiques. | CIRAD, INRAE, IRD, INRIA et partenaires |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | BirdNET | Application d'identification des oiseaux à partir de l'analyse de leurs chants et cris. Issu d’un projet de recherche collaboratif BirdNET s’appuie sur le machine learning pour la surveillance de la biodiversité. | Cornell Lab of Ornithology, Université technique de Chemnitz |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Merlin Bird ID | Application d'identification des oiseaux à partir de photographies, de critères d'observation ou d’enregistrements de chants. | Cornell Lab of Ornithology, Cornell University |
| 🌱Toutes cultures | Guide, fiche ou ressource technique | Protocole de QUBS (programme de suivi participatif de la QUalité Biologique des Sols) |
| Université de Rennes et partenaires |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Ephytia | Plateforme d'identification des maladies, ravageurs et adventices. Propose également des informations sur leur biologie et les méthodes de gestion disponibles. | INRAE |
| 🌾Grandes cultures | Jeu pédagogique | Jeu Macrofaune | Jeu de plateau permettant d'apprendre à reconnaître les principaux invertébrés et insectes rencontrés des grandes cultures. | Vincent CORFDIR, Educagri Editions |
🐮🌾 Élevage, polyculture-élevage | Jeu pédagogique | Jeu PayZZage | Jeu de plateau collaboratif permettant d'explorer les interactions entre élevage - paysage - biodiversité et de tester différents aménagements pour améliorer son score écologique. | INRAE |
| 🌱Toutes cultures | Guide, fiche ou ressource technique | Protocoles de l’Observatoire Agricole de la Biodiversité | 5 protocoles (abeilles, papillons, vers de terre, invertébrés, chauve-souris), préconisant matériel et méthodologie afin d'observer ces espèces. | OAB |
| 🌱Toutes cultures | Guide, fiche ou ressource technique | Fiches ABAA | Fiches d'identification et de ressources sur les auxiliaires, bioagresseurs, accidents des cultures. | EcophytoPIC |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | INPN Espèces | Une application mobile participative qui permet de découvrir la faune, la flore et la fonge de France (métropole et outre-mer) à partir de photos. | PatriNat (OFB, CNRS, MNHN, IRD) |
| 🌱Toutes cultures | Guide, fiche ou ressource technique | Notes nationales Biodiversité | Documents techniques présentant des espèces, habitats ou thématiques biodiversité en lien avec la santé des agroécosystèmes (pollinisateurs, mares, chauves-souris, auxiliaires, etc.). Pour en savoir plus. | Réseau Bulletin de Santé du Végétal |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Spipoll | Une application qui étudie, grâce aux photos des collaborateurs, les interactions entre plantes et insectes. | Muséum d’Histoire Naturelle, OPIE, Vigie Nature, OFB et partenaires |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | iNaturalist | Application d’identification des plantes, animaux champignons et autres organismes sauvages par photo. | iNaturalist |
| 🌱Toutes cultures | Matériel et équipement | Matériel d'observation et de suivi de la biodiversité | Équipements permettant de détecter et suivre les espèces présentes. Par exemple : détecteurs d'ultrasons pour les chauves-souris (Batbox, Batlogger …), pièges (chromatiques, photographiques, à phéromone, Barber pour les arthropodes du sol, …), plaques refuges, filets à insectes … | Divers fabricants, associations naturalistes |
La préservation de la biodiversité repose avant tout sur le maintien des habitats et ressources présents sur l'exploitation. Haies, mares, bandes enherbées, prairies ou sols vivants constituent des refuges indispensables à de nombreuses espèces. Au-delà des infrastructures agroécologiques, les choix de conduite des cultures influencent fortement la biodiversité : raisonner les intervention, diversification des cultures, gestion des sols, couverts végétaux peuvent contribuer à maintenir les équilibres biologiques. De nombreux leviers de la protection intégrée des cultures participent ainsi directement à la préservation de la biodiversité.
Lorsque certains habitats sont insuffisants, des aménagements peuvent être créés ou restaurés afin d'accueillir davantage d'espèces. L'implantation d’infrastructures agroécologiques permet notamment d'offrir des ressources alimentaires, des sites de reproduction et zones de refuge à de nombreux organismes. Les outils présentés dans cette partie s’axent sur l’aide à l’aménagement d’abris et le choix des espèces végétales.
Cultures concernées | Type d'outil | Nom et lien | Description | Organisme |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Boite à outils Agrifaune | Plateforme qui propose un recueil de fiches techniques sur la gestion des aménagements favorables à la biodiversité. | Agrifaune (OFB, Chambres d’agriculture, FNSEA, Fédérations des chasseurs) |
| 🌱Toutes cultures en AB | Guide, fiche ou ressource technique | Guide pratique sur la biodiversité dans les fermes bio | Un guide pratique compilant 26 fiches pour augmenter la biodiversité dans les fermes bio. Il s'appuie sur des exemples de terrain et des retours d'expérience. | Bio en Grand Est, LPO Grand Est, LPO Alsace, PNR des Ballons des Vosges, FREDON Grand Est |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Herbea | Outil interactif et fiches d’information pour aider au choix des espèces non cultivées et des infrastructures agroécologiques à implanter pour favoriser certains auxiliaires. | Solagro |
| 🌾🌳🥕🍇 Arboriculture, grandes cultures, maraîchage, viticulture (France métropolitaine) | Outil numérique | Auxil'Haie et Auxil'Herbe | Un site en ligne permettant d'identifier quelles essences sont attractives pour les auxiliaires en fonction des objectifs, de la localisation et du type de culture. | Chambres d'agricultures |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Base de données bandes fleuries | Une base de données qui permet de lier l’attractivité des plantes à fleurs pour les prédateurs et parasitoïdes et ainsi choisir simplement des espèces de plantes pour ses bandes ou haies fleuries. En savoir plus. | RMT BioRég |
| 🌱Toutes cultures | Matériel et équipement | Abris pour la faune | Mise en place d’aménagements servant de sites de refuge pour certaines espèces : nichoirs à oiseaux, gîtes à chauves-souris, tas de bois, refuges à hérissons, abris à pollinisateurs… | Divers fabricants, associations naturalistes, collectivités |
L'intégration de la biodiversité dans les systèmes agricoles s'inscrit généralement dans une démarche progressive qui combine plusieurs leviers adaptés au contexte local. Les retours d'expérience que ce soit dans le cadre de projets ou réseaux d'agriculteurs constituent des sources d'inspiration précieuses pour identifier des solutions éprouvées et éviter certains écueils. Si les actions mises en œuvre à l'échelle de la parcelle ou de l'exploitation sont essentielles, leur efficacité est renforcée lorsqu'elles s'inscrivent dans une réflexion à l'échelle du paysage ou du territoire, en favorisant les continuités écologiques et la complémentarité des aménagements. Le suivi des actions est également indispensable pour évaluer leur efficacité dans le temps et ré-ajuster les pratiques si nécessaire.
Cultures concernées | Type d'outil | Nom et lien | Description | Organisme |
| 🌱Toutes cultures | Guide, fiche ou ressource technique | Guide méthodologique pour l'élaboration d'un plan d'action sur une problématique biodiversité | Guide d'accompagnement destiné aux animateurs, conseillers et porteurs de projets souhaitant intégrer la biodiversité dans une démarche territoriale ou agricole. Il propose une méthode structurée pour caractériser une problématique biodiversité, mobiliser les acteurs concernés, définir des objectifs partagés, construire un plan d'action, sélectionner des indicateurs de suivi et évaluer les résultats. | ACTA |
| 🌱Toutes cultures (spécifique AB) | Guide, fiche ou ressource technique | “Agriculture biologique et biodiversité : comment les collectivités locales peuvent-elles favoriser une agriculture favorable à la biodiversité ?” | Guide présentant les enjeux de la biodiversité pour les territoires, les effets de l'agriculture biologique sur la biodiversité, des exemples d'actions menées ainsi que les dispositifs, compétences et financements mobilisables. | Réseau FNAB |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | Agriculture & Pollinisateurs | Carte interactive présentant la diversité d’initiatives mise en place dans les milieux agricoles pour les pollinisateurs et la pollinisation, recensée dans le cadre du Plan national pollinisateurs. | Contrat de solutions |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | REX Agri | Plateforme de partage d'expériences entre agriculteurs. Le site permet de consulter divers retours en filtrant par atelier, problématique, région, projet et structure accompagnatrice. | Ministère de l'Agriculture et de l'Alimentation, Ministère de la Transition Écologique |
| 🌱Toutes cultures | Guide, fiche ou ressource technique | Réseau DEPHY | Sur l’espace DEPHY d’EcophytoPIC, vous retrouverez de nombreuses productions du réseau sur la biodiversité. Quelques pages pour exemples : Le réseau DEPHY et la biodiversité, Comment accompagner et développer la biodiversité sur les exploitations en polyculture-élevage?, Aménagements paysagers pour favoriser la biodiversité fonctionnelle en agriculture | DEPHY |
| 🌱Toutes cultures | Outil numérique | OSAE | Centre de partage dédié à l’agroécologie. Il rassemble des témoignages et des exemples de pratiques favorables à la durabilité des systèmes agricoles. | Solagro et partenaires |
| 🌱Toutes cultures | Jeu pédagogique | Kit pédagogique sur les infrastructures agro-écologiques | L’objectif de ce kit est d’apporter aux animateurs des outils pour parler des IAE, de la biodiversité, de la transition agro-écologique et des paysages. Il comprend deux modules « pré-requis » et « capitalisation des connaissances » ainsi que le jeu Ruralis. | RMT Biodiversité et agriculture |
