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Les maladies telluriques, un problème à la racine

Arboriculture
Cultures légumières
Cultures tropicales
Grandes cultures / Polyculture-élevage
Horticulture – PPAM
Viticulture
Année de publication
  (mis à jour le 06 mai 2024)
Source :  EcophytoPIC
Auteur :  A. LE BERRE
Réferences : 
Synthèse EcophytoPIC n°21

Les maladies telluriques, causées par des agents pathogènes présents dans le sol tels que des champignons, des nématodes, des bactéries et des virus, peuvent gravement affecter les cultures.

Ces maladies entraînent souvent des pertes de rendement importantes et nécessitent des stratégies de gestion polyvalentes, combinant prévention, lutte biologique et rotation des cultures pour minimiser leur impact sur l'agriculture. Dans le contexte de la Protection Intégrée des Cultures (PIC), de nombreuses solutions existent déjà et permettent de réduire les usages de produits phytosanitaires conventionnels.

Panorama de ces maladies, de leur causes, de leur symptômes et des méthodes et outils existant pour limiter leur impact.

Les maladies telluriques: définitions, causes et symptômes

Contexte:

Les maladies végétales d'origine tellurique sont des maladies des plantes causées par des agents  phytopathogènes présents dans le sol. Ceux-ci peuvent être de types variés et comprennent entre autres, des nématodes, des champignons, des « pseudo-champignons » (e.g oomycètes), des bactéries et des virus. Ces organismes ne représentent qu’une part infime de la totalité des organismes présents dans le sol (<1%). Ils se caractérisent par le fait qu'ils persistent et survivent dans le sol et dans les résidus de plantes ayant été contaminées au préalable. Le sol fait donc office de réservoir pour ces agents pathogènes qui utilisent des structures de conservation (e.g œufs, sclérotes, spores) dans l’attente de conditions favorables. 

Symptômes:

Les symptômes des maladies telluriques peuvent être difficiles à identifier car ils affectent principalement les racines et les parties souterraines des plantes. Les premiers signes de ces maladies sont souvent discrets et passent inaperçus. Par exemple, un léger retard de croissance ou un jaunissement progressif des feuilles peut être observé. Ces symptômes peuvent facilement être confondus avec des carences en nutriments ou des conditions de stress environnemental.

À mesure que les maladies telluriques progressent, les symptômes deviennent plus visibles. On peut noter un flétrissement des feuilles, un brunissement des tiges, ou un dépérissement général de la plante. Ces signes suggèrent que les racines ont été gravement endommagées par les pathogènes. Un autre symptôme révélateur est le décollement de l'écorce autour de la base de la tige, ce qui indique que la partie racinaire est en train de mourir.

Dans certains cas, les maladies telluriques peuvent entraîner des symptômes tels que des taches ou des lésions visibles sur les feuilles et les tiges. Ces signes indiquent souvent que le système racinaire ne parvient plus à fournir suffisamment d'eau et de nutriments à la plante. Si ces symptômes ne sont pas identifiés et traités rapidement, ils peuvent entraîner une perte de rendement significative, voire la mort des plantes.

Pour détecter les maladies telluriques à temps, il est essentiel d'observer régulièrement les plantes et de surveiller toute anomalie dans leur croissance ou leur apparence. Les agriculteurs et les jardiniers doivent être attentifs aux signes précoces tels que le jaunissement ou le flétrissement des feuilles, et prendre des mesures préventives, comme la rotation des cultures, pour limiter la propagation des pathogènes du sol.

Des maladies généralistes identifiées dans toutes les filières

De manière générale, on retrouve un cortège assez similaire de maladies telluriques affectant la totalité des filières. Ces maladies, bien qu'issues des mêmes pathogènes et présentant des symptômes similaires, ne sont pas gérées de la même manière dans chaque filière, en effet, les conditions et les moyens de lutte possibles sont différents. Dans les paragraphes suivants, une approches par filière est réalisée et dresse un état des lieux des principales maladies. Evidemment, elles ne sont pas toutes citées ici mais sont toutes disponibles sur le site Ephytia de l'INRAe

Grandes cultures

Les céréales comme le blé, le maïs et l'orge sont particulièrement sensibles aux maladies telluriques à cause de leur vaste système racinaire et de leur culture en plein champ. La fusariose, causée par des champignons du genre Fusarium, provoque le jaunissement des feuilles, une croissance ralentie, et, dans les cas graves, la mort des plantes. D'autres champignons, comme Rhizoctonia et Pythium, entraînent des pourritures racinaires, ce qui cause le flétrissement des plantes et des racines décomposées, entraînant des pertes de rendement importantes.

Les oléagineux, comme le colza, le tournesol et le soja, sont souvent touchés par Sclerotinia, qui cause une pourriture blanche sur les tiges, les feuilles, et les racines. Les sclérotes, structures résistantes, peuvent persister longtemps dans le sol. La fonte des semis, causée par Pythium, Rhizoctonia, ou Fusarium, affecte les jeunes plants d'oléagineux et de betteraves, entraînant un dépérissement rapide des plantules.

Le mildiou, causé par Phytophthora infestans, affecte les pommes de terre et les tomates, provoquant des taches sombres sur les feuilles et une pourriture rapide des tubercules. Les nématodes, comme ceux du genre Heterodera, peuvent aussi causer des dommages aux racines des betteraves et des céréales, entraînant des galles et une réduction de la croissance à cause de la mauvaise absorption d'eau. 

Maraîchage, horticulture et cultures sous serre

Les cultures maraîchères sont souvent cultivées sous serres ou en plein champ, ce qui les rend sujettes à diverses maladies telluriques. Voici quelques-unes des principales maladies telluriques qui affectent les cultures maraîchères. Tout d'abord, et comme pour les grandes cultures, le cortège de champignons, composé de Rhizoctonia, Pythium et Fusarium, est à l'origine de nombreuses maladies, surtout sur jeunes plants. Ralstonia, une bactérie, peut aussi entraîner un flétrissement des feuilles et une pourriture des racines.

La verticilliose, causée par Verticillium, touche également plusieurs cultures maraîchères. Les symptômes incluent un jaunissement interveinal des feuilles, un flétrissement, et une déformation des fruits. Elle peut être difficile à éradiquer car les spores du champignon peuvent survivre longtemps dans le sol.

Les nématodes ne sont pas en reste et le genre Meloidogyne peut entraîner des dommages aux racines en créant des galles et des nodules, compromettant l'absorption des nutriments.

Cultures pérennes

Les maladies telluriques en arboriculture et viticulture touchent les arbres fruitiers comme les pommiers, les poiriers, les agrumes, les cerisiers et la vigne. Elles ciblent principalement le système racinaire, entraînant des problèmes de croissance, une baisse de production de fruits et, dans les cas extrêmes, la mort des arbres.

Phytophthora est une maladie courante qui provoque des pourritures des racines et des collets, avec des symptômes comme des écoulements de gomme, le jaunissement des feuilles et le dépérissement des branches. Armillaria, ou "pourriture du miel", attaque également les racines des arbres fruitiers et des pieds de vigne, causant des excroissances fongiques sur le tronc et les racines, ainsi que les branches. Cette maladie peut persister dans le sol pendant de longues périodes.

La verticilliose, causée par le champignon Verticillium dahliae, provoque le flétrissement des feuilles, des taches nécrotiques et un déclin général des arbres fruitiers comme les pommiers, les pêchers et les cerisiers.

Cultures tropicales

Sur le même modèle que les cultures précédentes, on retrouve Pythium, Rhizoctonia et Phytophthora impliquées dans différentes pourritures du collet et flétrissements, notamment sur canne à sucre, caféier, agrumes et cacao. On peut aussi noter l'impact que Fusarium a et a eu sur la banane, notamment en décimant les plantations de banane Gros Michel dans les années 50, ce qui a amené à l'essor de la variété Cavendish

Les nématodes des racines, tels que Meloidogyne et Heterodera, provoquent de nouveau des galles racinaires et réduisent la capacité des plantes à absorber les nutriments, affectant les cultures tropicales comme le café et la canne à sucre.

Des méthodes de gestion qui s'incluent dans une lutte intégrée

Pour lutter contre les maladies telluriques, il faut déployer une approche complète, combinant plusieurs stratégies pour réduire l'impact des pathogènes vivant dans le sol. Les méthodes suivantes sont des approches efficaces pour lutter contre les maladies telluriques :

  • Rotation des cultures : La rotation des cultures consiste à alterner les types de cultures sur une même parcelle d'une saison à l'autre. Cela interrompt le cycle de vie des pathogènes telluriques qui ont besoin d'un hôte spécifique pour survivre.  Dans le cas de Fusarium, la rotation des cultures avec des plantes non hôtes peut réduire la population de ce champignon dans le sol. De plus, la rotation favorise la diversité biologique du sol, ce qui peut contribuer à limiter l'incidence des maladies.

  • Hygiène des outils et des équipements : Les outils agricoles, les machines et même les chaussures des agriculteurs peuvent transporter des pathogènes d'un champ à l'autre. Nettoyer et désinfecter régulièrement ces équipements est crucial pour éviter la propagation de maladies telluriques. Par exemple, un outil de taille contaminé par le champignon Phytophthora peut propager la maladie dans un verger entier si des mesures de désinfection ne sont pas prises.

  • Utilisation de variétés résistantes : Choisir des variétés de plantes qui ont été sélectionnées pour leur résistance aux maladies telluriques peut réduire considérablement les pertes. Par exemple, les variétés de tomates résistantes à Verticillium et Fusarium peuvent réduire les risques de ces maladies. De même, pour la culture de bananes, des variétés résistantes à la maladie de Panama causée par Fusarium oxysporum f.sp. cubense sont essentielles pour lutter contre cette maladie.

  • Amélioration du drainage du sol : Les pathogènes telluriques prospèrent souvent dans des sols humides et mal drainés. Améliorer le drainage du sol peut aider à réduire les conditions propices à la croissance de ces pathogènes. Par exemple, en créant des canaux de drainage ou en utilisant des amendements de sol pour améliorer la structure du sol, on peut réduire les risques de pourriture des racines causée par Rhizoctonia ou Pythium.

  • Contrôle biologique : Le contrôle biologique implique l'utilisation d'organismes bénéfiques pour lutter contre les pathogènes telluriques. Par exemple, les champignons mycorhiziens peuvent établir des associations symbiotiques avec les racines des plantes, ce qui peut aider à renforcer la résistance des plantes aux maladies. Les nématodes antagonistes peuvent également être utilisés pour contrôler les populations de nématodes nuisibles comme Meloidogyne et Heterodera.

  • Solarisation : Cette technique utilise la chaleur du soleil pour stériliser le sol. Elle consiste à couvrir le sol avec un plastique transparent pour piéger la chaleur, ce qui tue les pathogènes telluriques. La solarisation est particulièrement efficace pour contrôler des pathogènes comme Pythium et Rhizoctonia, ainsi que des mauvaises herbes et d'autres organismes nuisibles sous serre.

  • Traitements chimiques des semences : Les fongicides et autres produits chimiques peuvent être utilisés pour traiter les maladies telluriques, mais avec précaution. Par exemple, l'enrobage des semences est souvent utilisé en grandes cultures et peut être efficace pour contrôler la fusariose ou la verticilliose, mais il doit être utilisé avec modération pour éviter la résistance des pathogènes et les impacts négatifs sur l'environnement. Des résistances à plusieurs fongicides sont connues chez plusieurs espèces de Pythium et de Phytophthora dans plusieurs pays

En combinant ces approches, les agriculteurs peuvent lutter efficacement contre les maladies telluriques et minimiser les pertes de rendement. Ces pratiques nécessitent une planification et une compréhension approfondie des maladies spécifiques à chaque culture, ainsi qu'une approche de gestion intégrée pour une protection durable des cultures.

Pour aller plus loin

Les instituts techniques agricoles et les groupes de travail ne sont pas en reste sur la thématique des maladies telluriques, en effet, des itinéraires techniques innovants ainsi que des solutions prometteuses sans recours aux pesticides existent déjà et sont en cours d'étude:

Dans les ITA: